Validé en 2024 par le Ministère de la Culture et le Syndicat Mixte du Musée Basque et de l'histoire de Bayonne, le projet scientifique et culturel est un document qui définit la politique globale du musée, ses grandes orientations pour les années à venir, à travers toutes ses missions, en s’appuyant sur un état des lieux critique de l’existant et en posant des objectifs stratégiques (notamment en matière de travaux), tout en tenant compte de l’environnement du musée (contexte historique, géographique, économique et culturel)