La Maison Dagourette
Ancienne demeure portuaire du 17e s., la Maison Dagourette se mire dans les eaux de la Nive depuis le quai des Corsaires. L'édifice est classé Monument Historique et abrite l’exposition permanente du musée. Les collections s'y déploient sur trois niveaux, réparties en une vingtaine de salles thématiques historiques et ethnographiques.
À la maison Dagourette, sont également présentées les expositions temporaires et la programmation culturelle du musée.
Le Château-Neuf
Également classé Monument Historique, le Château-Neuf est une forteresse édifiée au 15e s. Il surplombe la place Paul Bert et le Petit Bayonne. L’aile nord du bâtiment accueille les espaces du musée dédiés à la bibliothèque, aux bureaux administratifs, à la médiation, à la conservation (réserves, salles de quarantaine, etc.) et au volet technique (atelier de menuiserie, logistique informatique, etc.).